Επιστροφή σε έναν κόσμο με δύο πραγματικότητες. Η μία είναι η καθημερινότητα. Η άλλη κρύβεται πίσω της. Για να ανακαλύψει αν η δική του πραγματικότητα υφίσταται ή είναι ένα νοητικό κατασκεύασμα, για να γνωρίσει τον πραγματικό του εαυτό, ο κύριος Άντερσον (Κιανού Ριβς) πρέπει να ακολουθήσει ξανά τον λευκό λαγό. Και αν ο Τόμας ή ο Νίο έχει μάθει κάτι καλά, είναι ότι αυτή η επιλογή, ακόμα κι αν είναι ψευδαίσθηση, είναι ο μόνος τρόπος για να βγει ή να μπει στο Matrix. Φυσικά, ο Νίο ξέρει ήδη τι πρέπει να κάνει. Αυτό που δεν ξέρει ακόμα είναι ότι το Matrix έχει ισχυροποιηθεί και έχει γίνε πιο επικίνδυνο από ποτέ. Όλα αυτά του θυμίζουν κάτι.